در راستای تحقق اهداف نقشه جامع علمی و سیاست های کلان پژوهشی کشور، مبنی بر استقرار نظام جامع نظارت و ارزشیابی به استحضار می رساند، ارزشیابی سالانه  فعالیتهای پژوهشی دانشگاههای علوم پزشکی کشور در دو حیطه تولید علم و ساختار پژوهش انجام یافته است . در حیطه تولید علم ، شاخص های برونداد پژوهشی ، انتشار مقالات در مجلات 25% برتر ، انتشار مقالات با همکاری بین المللی ، ارجاعات در سال 2018 به مقالات منتشر شده از سال 2014 ، رهبری پژوهش ، نسبت مقاله به هیات علمی و شاخص h  سنجیده شده است . شاخص های مورد بررسی در حیطه ساختار پژوهشی شامل راه اندازی و توسعه آزمایشگاههای جامع تحقیقات ، ثبت موارد / بیماری ها ، استقرار برنامه کوهورت ، اطلاع رسانی و منابع الکترونیک ، تربیت نیروی انسانی پژوهشی ، کمیته های تحقیقات دانشجویی و اخلاق در پژوهشهای علوم پزشکی می باشد